故事发生在2707年，地球的资本已经耗损殆尽，4个由甲士率领的政府——国会、包豪斯、三岛和帝国——瓜分着世界的统治权，策动着连缀不竭的战斗。 米奇亨特是附属于国会政党的士兵，在一次步履中，他无意中破损了一枚古代石头封印，恐怖的仇敌被释放出来，那是如僵尸一般全身腐臭的邪恶突变怪物。这群数目达百万的突变怪物让已经破败不胜的地球雪上加霜。率领者甚至筹算抛却地球独自逃命，弃无数无辜的人们于失踪臂。 从突变怪物的袭击下虎口余生的亨特，碰见了“兄弟会”的首级头子萨缪尔，后者拥有一本古代书籍纪年史。书中预言到突变生物的呈现，以及将有一群人“传递者”将最终杀绝它们。亨特插手了萨缪尔的队伍，一行人冒险潜入漆黑世界的中心拯救世界。他们不单要匹敌多量的悍贼，同时还要面临不死的突变怪物的袭击…… 变异纪年史是一部典型的蒸汽朋克片子。

未来世界，人类社会由四个权力体掌控。三岛统治东方，鲍豪斯统治欧洲，伊比里奥统治非洲，卡比特尔则统治着美洲。此时地球能源几近枯竭，疾病灾祸肆意横行。为了争夺有限的资源，这四个权力体的战争不断，此消彼长。时间来到2707年，鲍豪斯和卡比特尔正在进行一场血腥残酷的战争，剧烈的爆炸摧毁了一个古老的封印，双方士兵随后面临新的敌人——残忍无度的变异人。原来他们的炮火无意中使冰河时代末期来自外太空的神秘机器重新启动，它可以将人类转化为残忍血腥、丧失人性的变异人，并且有如病毒一般以极快的速度蔓延。地球危在旦夕之时，统治者们抛弃地球独自逃亡。而幸存者们则要找到古老的兄弟会以及他们口中的编年史，继而找出彻底消灭变异人的办法。