主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

《名侦探柯南：零的日常》改编自同名漫画，该故事的主人公是安室透，29岁，是一个混血儿，有着一头显眼的金发，以及小麦色的皮肤。安室透在白罗咖啡厅工作，而白罗咖啡厅的楼上是名侦探毛利小五郎的侦探事务所，安室透拜了毛利小五郎为师，成了一名私家侦探。然而，他的真实身份是潜入黑暗组织的公安警察，本名叫降谷零，他在黑暗组织中的代号为波本。拥有公安、侦探、黑暗组织成员三重面孔的安室透，擅长搜集情报，有着极强的观察力与推理能力，而且身手非常敏捷。他曾伪装成赤井来观察赤井秀一是否死亡，后来又对江户川柯南的身份产生了兴趣。这样一个有着复杂身份的安室透，也有着普通人的日常生活，本部动画将为大家揭晓安室透不为人知的日常。

《名侦探柯南：犯人犯泽先生》改编自同名漫画。该动画的主人公犯人犯泽先生身穿紧身服、全身漆黑。为了收拾某个人，他拼命打工赚钱，攒够钱后，他告别母亲，独自离开老家岛根县的出云，来到犯罪率极高的米花町准备复仇。外表凶悍的犯泽先生其实是个老实人，没有任何的犯罪经验，而且还非常胆小。从乡下来到大都市的他本以为能顺顺利利地展开计划，但现实并不美好，他面临租房、工作、人际关系等问题。在一次次的遭遇挫折后，他没有灰心丧气，仍不畏艰难地一步步解决生活中出现的问题，并最终在米花町租到了合适的房子，结交了新的朋友，还找到了满意的工作，让生活步上了正轨。然而，他却始终找不到自己要找的人。犯泽先生最终是否能顺利完成自己的计划呢？

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!

专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么，是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行。警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探。柯南与毛利小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但他们却意外地守口如瓶。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：Need not to know（无须知道）这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关……

专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么，是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行。警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探。柯南与毛利小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但他们却意外地守口如瓶。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：Need not to know（无须知道）这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关……

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利小五郎不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味着这两起杀人事件与警察内部人士有关。 　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，但突然间停电了，那一刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子，事情越来越扑朔迷离。

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利小五郎不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味着这两起杀人事件与警察内部人士有关。 　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，但突然间停电了，那一刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子，事情越来越扑朔迷离。

一个黑色身影出现在罪案猖獗的米花町，心怀不轨地要杀掉某个人。《名侦探柯南》里的超强绿叶犯人犯泽再度现身，这次他穿着招牌紧身衣化身主角，内心单纯善良的他是否能完成这场不可能的任务？

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

　　柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口...

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。

工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。 知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的。