经过鳌拜一事后，康熙深知官员腐败，决定派王二狗三人作为钦差下江南查访民情。在荣城绿叶村，王小宝因丧尸与公孙不二、展犬走失，王小宝身无分文沦落飘香楼，被包姐骂人神功震撼的他偷偷学艺。同时他发现飘香楼头牌柔柔身负冤情，决定帮柔柔一家申冤。不二和狗子这时也与小宝重逢，三人协作查明了绿叶村丧尸事件和柔柔一家的冤案，暗中黑手知县和师爷也得到了自己应有的惩罚。在小宝沦落飘香楼期间，柔柔和小宝二人日久生情，小宝抱得美人归。

康熙继位后，鳌拜为辅政大臣。鳌拜为了控制康熙，将其义妹双儿送进宫中，康熙被迫封其为双妃。鳌拜命令双妃之父李天师为自己训练了十几具僵尸替自己办事，康熙为斩除鳌拜，召集大内密探王二狗三人进宫。王小宝扮成太监，公孙不二易容成宫女，展犬扮成黑衣人，三人分别潜入李天师女儿双妃宫内，与双妃斗智斗勇，终将双妃劝降并套出鳌拜金刚不破之身的罩门。最终王二狗三人和双妃合并一起与鳌拜决战，终于将其打败，康熙将双妃许配给王小宝为妻，大内密探王二狗的密探之路正式开启。