一次意外，使超人们通过时光机回到了过去的宅家，他们看到了宅博士之父宅在佳，也看到了小时候的宅博士。超人们并不知道，跟着他们穿越回来的，还有另外一个人......在超人们回到的这个世界，小小怪竟然成了上司，而他的下属，竟是大大怪……

五超人和伽罗在潮博士的请求下，前去拯救被黑煞统治的平行时空的星星球。然而面对十分强大的黑煞，超人们毫无招架之力。在得知只有开天辟地斧能打败黑煞后，超人们和伽罗以及潮博士一起踏上了寻找开天辟地斧的冒险之旅。

超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大危机等着他们：司令寄给大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！ 为了应付这个危机，超人也继续在超星学院提升自己的技能，更好地守护这个星球。同时，一直离开的战神伽罗因被宇宙神医——医神复活，重新回到超人的团队，与小心超人一起并肩作战，大家一起守护星星球！

星星球机器人感染木马程序开始伤害人类，由于这种木马程序年代久远，只有过去的时空才能研发出来，于是开心超人回到过去的灵光星，寻找能清除木马程序的和平代码。但没想到的是，开心超人居然回到了和平代码还没有研发成功的时空，此时人类与机器人处于矛盾大爆发的时候…...

超人联盟缴获了一个预言球，预言球预言星星球谜瑞岛的人鱼公主会变成泡沫消失，并引起星星球海洋危机。五超人接到超人联盟的任务，前往谜瑞岛人鱼部落阻止预言发生。没想到魔法师乐呵呵还是夺走了人鱼公主的歌声，让人鱼公主变成了泡沫，超人们未能阻止预言的发生。最后不放弃的超人们合力打败了乐呵呵，救回了已经变成泡沫的人鱼公主，同时拯救了海洋世界。

五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团-五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。

在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。

本剧主要讲述了超人们要加入超人联盟考核过程中发生的事，同时伽罗外出研究能源核的秘密。剧情上，本季首次采用了双线交织的方式；人物上，本季不仅有白连发、玖、波波、汉克等新人物的加入，还有断刀流、少龙、张郎、亦菲等老人物的回归。

宅再佳失踪，超人们找到了唯一有其失踪线索的一副斗兽棋，却在与反派的争夺中被打碎。八枚斗兽棋棋子由此幻化成八只棋兽散落在勇敢之城各处。为了救出宅再佳，超人们必须收回散落各处的棋兽、破解其中的秘密。而反派为了争夺棋兽，也不断从中作梗。正邪双方围绕棋兽展开了一场激烈的争夺……

星星球的人们发现了一个新星球——古灵星，它是一颗神秘的星球，上面蕴含着各种神秘的资源。校长和博士率领五个超人去探险，他们无意中探入了古灵星的地下城，探秘失落的文明。灰心星球司令派大小怪在探险队卧底，随时窃取探险的成果，并带回灰心星球。超人们一边应付新环境，一边应付来自暗处的各种破坏……

在星星球20903年，嚯哈哈回来协助大大怪和小小怪侵略星星球，嚯哈哈学到一个强大的魔法，这个魔法能让星星球日常生活物件的重要部件消失，从而让这个物品不能使用。由此星星球很多东西的重要部件消失，给人们的生活造成了诸多不便，甚至引发了大混乱，为了让人们的生活恢复正常，宅博士带领以开心超人为首的超人们找到了失踪的重要部件，并重新制作出来。

五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。

远古时期，有六位超人联手对抗怪兽守护着宇宙的和平。六超人之一的无心超人为了更好地保护民众，一直在追求最强大的力量。六超人为对抗怪兽，结合六人力量，提炼出了一股强大的能量——星之力，那是一股能突破黑暗的生命力量。

宇宙中的神秘组织似乎对能源核感兴趣，然而五位超人在拯救星星球时失踪了，黑暗势力悄然来袭，谁能承担起守护能源核的重任？