讲述了赛罗·奥特曼的徒弟泽塔奥特曼为收集奥特勋章，防止恶徒利用恶魔碎片破坏宇宙和平而在地球与热血青年夏川遥辉并肩战斗的故事。

捷德奥特曼击败他的父亲贝利亚奥特曼后，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，但其肉体却化为碎片飘散在宇宙，名为”恶魔碎片”。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。恶魔碎片能让怪兽变得凶暴，恶徒利用恶魔碎片，它开始毁灭行星，使宇宙陷入了危机，而它的下一个目标是地球。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”，在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。

泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。这次和泽塔奥特曼有关的人类，是一位名叫夏川遥辉的热血青年。遥辉是怪兽应对机甲部队“军械库”的一名队员。在很久很久以前，由于某种原因，宇宙中出现了一种叫恶魔碎片的东西，它可以让怪兽失去理智。一个神秘的家伙正借助这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗和他的徒弟泽塔为了守卫家园，主动出击迎战敌人。一场激战过后，泽塔被迫与赛罗分开，独自一人追逐逃跑的怪兽。泽塔抵达地球的时候，遇到了正在战斗的遥辉。两人的相遇，拉开了故事的序幕。

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该作讲述的是奥特英雄们勇敢的冒险故事。内容围绕着迪迦奥特曼和泽塔奥特曼两位奥特战士展开。

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剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子。于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量。他可以变身成邪恶特利迦，实力非常强大。特利迦根本招架不住邪恶特利迦，不光泽塔前来帮助特利迦，就连伊格尼斯也变成黑暗特利迦前来协助特利迦。三位战士将联手粉碎超古代人残党与赛雷布洛的阴谋。

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最后一场战斗已经过去两年了，世界各地已经恢复了和平。然而，当怪物再次开始出现在地球上时，事情并没有平静多久。与此同时，一系列神秘的闯入事件发生在世界各地的超级古代遗迹中。GUTSSELECT团队由新队长带领，准备展开调查。殊不知，这是一场生死未卜的激战之始。GUTSSELECT和泽塔奥特曼在真中剑悟的带领下加入战斗。一个邪恶的身影从阴影中出现：邪恶特利迦，一个继承暗影的邪恶巨人。为了让大家再次展露微笑，特利迦奥特曼和泽塔奥特曼的人间体夏川遥辉与GUTSSELECT的新成员以及黑暗特利迦的人间体伊格尼斯将展开一场光与影的终极之战。

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