小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔，她能和水中的口袋怪兽交流。小智他们从广美那里听说，大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”，里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时，传说中的口袋怪兽援助员杰克突然出现，他肩负着将一枚名为苍海王子的蛋送往海之神殿的任务，小智和朋友们加入了杰克的队伍，帮助他完成任务。然而，野心勃勃妄图获得海之王冠的海盗们却挡在了他们的面前，想要抢走苍海王子之蛋。小智和朋友们与海盗头子展开了一场大战……

小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔，她能和水中的口袋怪兽交流。小智他们从广美那里听说，大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”，里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时，传说中的口袋怪兽援助员杰克突然出现，他肩负着将一枚名为苍海王子的蛋送往海之神殿的任务，小智和朋友们加入了杰克的队伍，帮助他完成任务。然而，野心勃勃妄图获得海之王冠的海盗们却挡在了他们的面前，想要抢走苍海王子之蛋。小智和朋友们与海盗头子展开了一场大战……

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....