故事延续《终极一班2》结尾中，被改变的金时空未来接续开始。 由于金时空的未来已被雷婷和中万钧改变，因此在本剧中，战力指数和K.O榜也回归。呼延觉罗·修告诉汪大东灸舞盟主新下的指令，要汪大东调查金时空最近战力指数异常飙高的现象， 所有线索都指向芭乐高中，所以盟主传汪大东回去调查的原因，虽然汪大东已经28岁了而且也不想回芭乐高中， 但是汪大东高中并没有毕业，也没有反对盟主的权利，所以只好回芭乐高中继续就学。新的故事也要展开了……

一部黑头车停在番石榴校园校门口，这时身着黑色西装的随从下车为他们的主人打开车门。终于有人走下车，一个戴着墨镜，身形修长的男子在校长和训导主任等人的欢迎下，带着一股霸气走进番石榴校园。 　　主任好奇是哪个来头不小的学生，居然惊动校长亲迎？校长向主任解释这是他们学校的财神爷，新转来终极一班的学生王阿瑟，他老爸就是赫赫有名的老大，学校的体育馆土龙馆就是靠他的捐款才得以兴建，所以对王阿瑟要采取“爱的教育“。 　　在接阿瑟进校后，校长几经盘算决定召开临时家长会，请终极一班的家长出席，因为最近课桌椅和其它教具的损坏率居高不下，而这笔钱非 得让家长们认捐不可，训导主任一听校长有此想法连忙附和，忙着去联络准备……

铁时空的大战仍未止息，为了保护雷婷，大东委托东城卫首席战斗团团长修带着她先行回到金时空，自己与夏天并肩作战对抗魔界大军，雷婷万般不舍地离开大东。没想到修和雷婷在回金时空的路上却意外遇伏击分散，雷婷失踪！ 而此时终极一班群龙无首，辜战与止戈两兄弟为了当老大展开比武对决。修找到了终极一班，雷婷失踪引发了轩然大波，经过众人努力终于找到雷婷，让她重回老大位置。却发现她性情大变，原来这一切都是一场骗局……

本剧讲述了大东奉盟主之令护送刘备回铁时空，但在过程中发生时空共震，被剧烈冲击力撞击的大东，睁开眼睛，发现自己竟然躺在女子更衣室的椅子上。从金宝三口中得知自己已消失了十年，而在此期间父母以及亚瑟和小雨为寻找自己而下落不明……