故事发生在未来，由于来自月面的树木化成的怪物的袭击，那时的地球已经变得一片荒凉，人们不得不与森林共同生活，并且建立起了敌对的关系。不过本片主角阿基多所居住的中立都市则一直寻求着与森林共存的方法。在某一天，前往封禁之泉取水的阿基多遇到了沉睡了300多年的神秘少女，而自从两人相遇的那一瞬间，整个世界的命运就开始了剧烈的震动……