某晚，桂小太郎在桥上遭到试刀杀人的武士袭击，一瞬间桂便倒卧在血泊之中…这名武士的行为使得町内居民人心惶惶。过没多久，伊丽莎白至万事通拜访，与新八、神乐、定春一同搜寻桂的下落。另一方面银时则是去接受村田铁矢、铁子兄妹的委托，要求寻找失踪的妖刀－红樱。看似同时发生却没关系的两件事情，最后却慢慢的整合起来，并发现了预料外的人物之阴谋正在进行中…

江户时代末期（本作的20年前），被称为天人（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。

某晚，桂小太郎在桥上遭到试刀杀人的武士袭击，一瞬间桂便倒卧在血泊之中…这名武士的行为使得町内居民人心惶惶。过没多久，伊丽莎白至万事通拜访，与新八、神乐、定春一同搜寻桂的下落。另一方面银时则是去接受村田铁矢、铁子兄妹的委托，要求寻找失踪的妖刀－红樱。看似同时发生却没关系的两件事情，最后却慢慢的整合起来，并发现了预料外的人物之阴谋正在进行中…

江户时代末期（本作的20年前），被称为“天人”（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令””，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。