太平镇年不久前闹过一场瘟疫，为了安抚百姓，准备办一场水陆法会。灵隐寺的圣僧道济与师兄广亮，途中遇到花妖，由此引出故事的开篇……来到灵隐寺，在陈县令的口中得知，小儿恐怕被女妖迷惑，还请来了梁世元设法除妖，却被道济戏耍一番，颜面无光，恼羞成怒下与道济对赌捉妖，却是败给道济。梁世元倍感耻辱，找了万年青蛟敖青，施展妖术捉走百姓的孩子，想要杀掉道济。道济与广亮与青蛟缠斗，一口精血破了青蛟的妖丹，妖丹却被梁世元得到，道济罗汉金身下凡，降服青蛟，梁世元起了恶念，吞下妖丹，道济设计骗出梁世元，打伤了梁世元。而青蛟也将妖丹夺回，最终在道济的劝说下，幡然悔悟，最终，道济将梁世元打下悬崖，救回了孩子…

故事主要讲述邪恶的黑龙絜钩以苦厄、惊惧、哀伤等情绪为食，他给人间制造了一场瘟疫，并派妖龙鱼不惑和树妖蒲葵抓捕梦中的死对头李心远。在刺杀过程中，蒲葵被李心远救助百姓的善良、正直打动，渐渐动摇。刺杀任务一拖再拖，人间的苦难让恶龙积蓄了足够的力量，他来到人间欲亲自杀死宿命之敌李心远。蒲葵为了保护李心远，被烧成灰烬，只余一片蒲叶落到心远身边。李心远伤心欲绝，展开降龙大战。

天上伏虎罗汉（周星驰）与众仙打赌，称在凡间会令三名凡人于一定时限内为他人作出牺牲，否则他愿再受轮回之苦。伏虎罗汉化身和尚济公来到人间，边游戏人间边普渡为生的间隙，他选中被老天所罚的九世乞丐（黄秋生）、遭男人欺女人辱的妓女（张曼玉）、杀人如麻的大盗（黄志强）为实验品。 凭借鬼马机智巧妙安排一番后，济公与三人建立了良好的关系，而最终，九世乞丐与大盗被济公感化作出为他人牺牲之举，妓女更是一往情深爱上他，令他开始为是否自动放弃神仙身份留在凡间而烦恼。

该剧故事根据清郭小亭著济公全传以及民间故事改编，传说前世为降龙尊者的济公降生到善人李茂春家中，取名李修缘，后投身灵隐寺，自号济癫。在灵隐寺，济癫不限佛门清规戒律，行为异常实心存大善，除恶扬善，被百姓奉为圣僧、活佛。而与降龙罗汉素有过节的大鹏，逃离仙界后带领弟子九尾狐白灵、黑风对济公进行报复。济公运用自己智慧，与以大鹏为代表的丑恶势力和现象斗智、斗勇，拯救百姓