指挥官展瀚韬领导的飞虎队行动组A Team，经过一年的合作和锻炼，各队员渐渐成熟，合作更具默契，而面对的新挑战也接踵而来。随着旧拍档相继离队，俞学礼等A Team成员摇身一变成大师兄，以身作则带领一批新队员。大家都认定瀚韬是总督察的最佳人选，但最后总督察却由潘子龙担任，众队员大表诧异之余，更要重新适应子龙的新作风。
瀚韬的最佳拍档、飞虎队狙击手庄卓源与女友丁慧慧彼此认定为终身伴侣，慧慧为支持卓源、深入了解卓源的工作，竟辞去空姐一职。卓源感情生活稳定，但工作上却遇到瓶颈。另一边，一心想成为女飞虎的苏文强，经过多重辛苦训练，终如愿所长。文强与学礼日久生情，二人正要确认彼此关系时，又出现了感情的牵绊。
飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则。其他队员团结一致保护犯错队友，惟瀚韬公正不阿。向来团结的A Team面临四分五裂，瀚韬将如何化解危机？