红花会总舵主于万亭夜闯禁宫，揭发乾隆为汉人后，由于环境迫害一病归天，遗位由陈世倌的第二个儿子陈家洛接任，陈家洛看到于万亭遗书后，遂知乾隆有可能是自己的亲哥哥。陈家洛带领红花会众义士与乾隆进行了一连串的抗衡和周旋，并劝说乾隆订下驱清复明的大计。然而在和亲王与太后的篡权阴谋、“八大遗诏”的要协下，乾隆更深感保住皇位的重要性。矛盾与冲突最终引发了朝廷与红花会的大对决……
乾隆会否放过陈家洛？陈家洛能否率领红花会推翻满清？二人的手足之情是否会因此而改变……剧中同时描述了陈家洛、乾隆、霍青桐及香香公主的四角恋爱关系、文泰来与骆冰的生死与共、李沅芷对余鱼同锲而不舍的追求等亲情与爱情的传奇故事。